围绕“十一五”主要污染物排放总量控制目标，东莞市以大力调整工业产业结构为抓手，积极采取淘汰、关闭等整治手段，强化工业污染控制，综合整治环境污染，全市环境质量逐步提高，为经济社会可持续发展做出了积极贡献，为完成省政府下达的“十一五”总量控制任务打下良好基础。

编制“减排”目标，严把项目审批关，分类整治重点污染企业
东莞市委书记刘志庚在全市创模动员大会上明确指出环保工作要注重突出污染减排，污染减排要注重突出污染治理；东莞市市长李毓全要求有关部门严格按照省委省政府的要求和部署，努力实现主要污染物排放总量控制目标。为加强领导，落实责任，东莞市成立了以副市长梁国英为组长的“十一五”主要污染物排放总量目标控制工作领导小组。
从2006年下半年起，东莞市环保局深入到32个镇（街）开展功能区污染源排放现状调查、审核统计以及各功能区总量控制计划的核定等工作，较为全面地掌握了主要污染物的排放特点，按照“尊重现状，适度分配”的原则，经过征求意见，由市政府下发了《关于印发各镇街“十一五”主要污染物排放总量控制目标的通知》。2007年4月市政府与各镇（街）签订了总量控制目标责任书，将其列为党政主要领导政绩考核的一项重要指标。
从严执行“三个不批”，即采用国家和省明令淘汰的落后生产技术和设备的项目不批；位于东江上中游地区、石马河、寒溪河、东引运河流域的重污染项目不批；已超出排污总量控制指标的地区，增加污染物排放量的项目不批。对新建项目，如锅炉、热电联产等项目，审批时严格要求燃煤控制含硫率在0.8%以下，燃油控制含硫率在1%以下，并对主要污染物排放总量提出明确要求，要求企业按照“三同时”制度建设脱硫设施。严格执行排污许可证制度，加强对企业的监管，确保企业污染物稳定达标排放，严格监管企业实际污染物排放总量控制在审批总量之内。据统计，2006年东莞全市共拒批不符合产业政策、选址不宜等污染项目663项，其中重污染项目30项，污染物排放总量增长的势头得到控制。
对全市漂染、造纸等六大行业1252家重点污染企业按照关闭一批、搬迁一批、在线监控一批的措施进行分类综合整治。东莞市外经贸部门对到期“四纯两小”性质的外资企业一律不再签订续期合同，海关部门不再备案生产合同，工商部门不予年审。2007年底前，分期、分批关闭241家“四纯两小”企业。
制订《东莞市环保专业基地建设的实施意见》，明确对自愿入园企业给予适度补偿政策，明确了基地建设的规模、模式及阶段任务等。筹建常平、大朗、长安、虎门、沙田、洪梅、望牛墩、中堂、麻涌等9个环保专业基地，搬迁一批企业生产车间，对583家企业生产废水实行集中治理。
2006年初，投入300万元建设的全市统一监控平台、监控软件正式投入使用。首批15家在线监控建设企业配备现场自动监测仪器，沙角B电厂、沙角C电厂正在进行联网前的准备工作。根据有关方案，计划将全市COD和SO2省控重点污染源、市控重点污染企业及火电行业企业、城市污水处理厂及固废焚烧处理厂等企业纳入在线监控建设范围，全面实施在线监测监控。

加强污水处理厂日常监管，新建工程削减排污总量
目前，东莞市有二级污水处理厂的日处理规模为44.9万吨，一级污水处理厂日处理规模为260万吨。通过加强对现有污水处理厂的日常监管，强化现有污水处理厂的处理能力，提高负荷运行能力和污染物去除率，确保正常稳定运行，有效地削减污染物的排放总量。如东莞市樟村水质净化厂2005年的污水处理量为2.6亿吨，2006年提高到5.7亿吨，COD进一步削减了5000多吨。
计划至2007年底，投入70.9亿元，分两批建成36座污水处理厂，总处理规模为208.5万吨/日。36座污水处理厂工程的建成将进一步削减我市COD排放总量。
至2006年底，沙角电厂群投资近14亿元，为总装机容量318万千瓦的8套燃煤机组配套安装了脱硫设施。沙角B电厂1、2号机组脱硫工程也分别于2006年底及2007年初通过试运行，年内即将投入使用。沙角电厂群总装机容量388万千瓦的10套脱硫装置的全面建成，最终将可达到年削减二氧化硫约11万吨和烟尘约1.2万吨，平均脱硫率达到93%以上，将大幅削减全市二氧化硫排放总量。对现有30吨以上的锅炉强制配套脱硫装置，目前已有部分企业完成脱硫装置建设，削减效果显著。

推行清洁生产，建立畜禽养殖业污染整治长效机制
2006年11月总投资达3000万元的东莞市清洁生产科技中心挂牌成立，作为东莞首个专门开展清洁生产的科技中心，为全市重点污染企业开展清洁生产提供了技术和服务平台。2006年以来，东莞市美维电路板有限公司等9家企业开展了清洁生产审核，有力推动了全市总量控制工作的开展。如东莞玖龙纸业有限公司从建厂开始就引入清洁生产和循环经济的理念，利用国内外先进的造纸生产工艺技术和设备，累计投入环保资金4亿多元，实施了多项废物综合利用工程，提高了原材料、能源、水资源利用率，减少了污染物的产生量，减轻了末端治理压力。
2006年，全市基本完成南城板岭原省种猪场以及沙田、厚街、清溪、塘厦、大岭山等10个位于环境敏感地区规模超10万头的大型养猪场清理扫尾工作。在继续深入开展调查核实的基础上，对“应清未清”、“回潮反弹”和“暂缓清理”三种类型养殖场进行全面清理，全年共清理养猪场373个，生猪6.9万头；家禽场11个，家禽11.9万只。同时，市政府印发实施了《关于加强畜禽养殖业污染管理工作的通知》，建立了长效管理机制，全面巩固清理畜禽养殖污染成果。